La instalación de software por el sistema de paquetes usa "dependencias" que son cuidadosamente diseñadas por los encargados del paquete. Estas dependencias están documentadas en el archivo de control asociado con cada paquete. Por ejemplo, el paquete que contiene el compilador de C de GNU (gcc) "depende" del paquete binutils que incluye el enlazador y el ensamblador. Si un usuario intenta instalar gcc sin haber instalado antes binutils, el sistema de paquetes de Debian dará un mensaje de error avisando de que también necesita binutils, e instalará gcc sólo si el usuario acepta instalar binutils primero. (Sin embargo, esta opción puede ser anulada por el usuario persistente).