si al cargarlo en R da problemas de codificación, puede ser por dos cosas:
- el fichero está codificado como Latin-1 (iso-8859-1)
- el salto de renglón está codificacdo como CR-LF «\r\n» en vez de sólo LF «\n»

prueba alguna de éstas:
: read.fwf (......, fileEncoding="latin1") # en R

: recode l1..u8 datos ; recode cl..data datos # en Bash

: iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 datos | tr -d '\r' > datos_utf8-lf.txt # en Bash